河川生物中，與污染程度較有直接關係，且能反映出各種不同程度污染者，有藻類、浮游動植物、水生昆蟲、軟體動物、環節動物等，這些都可作為河川污染之生物指標。但藻類及浮游動植物之判別必須使用顯微鏡觀察，較為不方便，其餘則屬肉眼可見之生物，採樣及觀察均較方便，而且它們都是固定棲息於河床或沿岸，較能代表該點之河川水質，所以河川污染生物指標即採用水生昆蟲、軟體動物和環節動物等常見生物。
一般將污染程度分為四等級，即未(稍)受污染、輕度污染、中度污染、及嚴重污染等。
未(稍)受污染水域之指標生物
★石蠅
體黃褐色，形狀像蒼蠅，而且常棲於溪流之石頭面上，故有「石蠅」之稱。形態特徵是尾2根，足3對，足尖有2根爪，身體長型的1-3公分，有胸腮但無腹腮。它生長在未(稍)受污染之清潔水域中，台灣的河川上游常見。
★扁蜉蝣
屬於蜉蝣目昆蟲，體淡褐色，是蜉蝣目昆蟲中較不耐污濁之一種。形態特徵是有腳3對，長條狀尾3根，有翅芽，足尖只有一根爪子，腹部兩側有葉狀鰓，體相當扁平，長約0.5至2公分。它多棲息於激流中石塊下面，因身體扁平，行動敏捷，不怕激流沖走，以食藻類為生，台灣河川上游激流中常見，數量頗多。
輕度污染水域之指標生物
★蜻蛉
屬於蜻蛉目昆蟲，體黑色或黃褐色，為眾所知曉的蜻蜓及豆娘之幼蟲。形態特徵是胸3對，有翅芽，尾呈短狀的突起或3根長的葉狀鰓，它棲息在緩流或靜水之河底石塊下面，在急流中易被沖走。
★蛇蜻蛉
屬於廣翅目昆蟲，又名「石蛉」，頭及前胸赤褐色，中後胸及腹部紫褐色，為大型之底棲昆蟲。形態特徵是腹部各節的兩側有絲狀突起物和鰓，體長的3至7公分，沒有長條尾巴。它生長在河川較深之底部石塊間，伏行於石塊間捕食動物，故有「蛇」蜻蛉之稱。
中度污染水域之指標生物
★水蛭
屬於環節動物，體呈扁平狀且具有伸縮性，在身體的兩端有吸盤，將身體固定以防激流沖走。平常體長的1.5公分，伸長可至3公分。它棲息在中度污染的水域，附著於河底石頭的底側，以食腐敗有機物為生。
嚴重污染水域之指標生物
★紅蟲
體呈紅色，形狀類似孑孓，故有「紅蟲」之稱。形態特徵是無腳，有觸角，腹末無呼吸管但有鉤爪。它生存於骯髒的水域，通常是潛入泥沙中，以食腐敗有機物為生。
★顫蚓類
屬於環節動物，在水中體呈紅色，為嚴重污染水質之最佳指標生物。形態特徵是體呈線狀類似蚯蚓，全身多剛毛。它生活於嚴重污染水域河床上，聚集在水流動的地方。它以河床之沉積有機物為生，可在溶氧極低的河底生存，甚至溶氧為零時尚可生存，數量極多，常聚集生存。
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